Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking / Aplicação da ferramenta PolyPRep em poliproteínas de protease de HIV usando docking molecular

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Relação entre fatores socioeconômicos e a pandemia da covid-19 / Correlation between socioeconomic factors and the COVID-19 pandemic

Resumo Este artigo objetivou verificar a relação entre os fatores socioeconômicos e a pandemia da covid-19 nos municípios de médio porte mineiros. O procedimento de análise de dados foi a modelagem de equações estruturais de mínimos quadrados parciais. As variáveis utilizadas foram vulnerabilidade, saneamento, renda, agravantes, vacinação, casos de covid-19, mortalidade por covid-19, hospitalização e doenças crônicas não transmissíveis. Os dados foram coletados no Índice Mineiro de Responsabilidade Social, no painel de monitoramento dos casos de covid-19 e no painel de monitoramento de vacinação contra covid-19. O recorte temporal foi determinado pelo início da pandemia e a disponibilidade de dados (março de 2020 a setembro de 2021). Os resultados evidenciaram que melhores condições de saneamento estão negativamente relacionadas aos casos de covid-19, a renda está positivamente relacionada com os casos de covid-19 e a taxa de mortalidade por doenças crônicas não transmissíveis está relacionada de forma positiva com a mortalidade por covid-19. Os casos de covid-19 têm impacto negativo na hospitalização e a hospitalização tem impacto positivo na mortalidade. Os casos moderados pela vacinação estão negativamente relacionados à mortalidade por covid-19. Os resultados confirmam que condições socioeconômicas menos favoráveis tornam a sociedade mais vulnerável a covid-19.

Abstract This study investigated the correlation between socioeconomic factors and the COVID-19 pandemic in medium-sized Minas Gerais municipalities. Data were analyzed by partial least squares structural equation modeling, using the following variables: vulnerability, sanitation, income, aggravating factors, vaccination, COVID-19 cases, COVID-19 mortality, hospitalization and non-communicable chronic diseases. Data were obtained from the Minas Gerais Social Responsibility Index, the COVID-19 cases monitoring panel and the COVID-19 vaccination monitoring panel. Data collection time frame was determined by the onset of the pandemic and data availability (March 2020 to September 2021). Results showed that better sanitation conditions are negatively related to COVID-19 cases, income is positively related to COVID-19 cases, and higher mortality from chronic noncommunicable diseases are positively related to COVID-19 mortality. COVID-19 cases have a negative impact on hospitalization and hospitalization has a positive impact on mortality. Cases, moderated by vaccination, are negatively related to COVID-19 mortality. These findings confirm that less favorable socioeconomic conditions make society more vulnerable to COVID-19.

Nonparametric item response models: a comparison on recovering true scores / Modelos de resposta ao item não-paramétricos: comparando a recuperação de escores verdadeiros / Modelos de respuesta al item no-paramétricos: comparando la recuperación de puntuaciones verdaderas

Nonparametric procedures are used to add flexibility to models. Three nonparametric item response models have been proposed, but not directly compared: the Kernel smoothing (KS-IRT); the Davidian-Curve (DC-IRT); and the Bayesian semiparametric Rasch model (SP-Rasch). The main aim of the present study is to compare the performance of these procedures in recovering simulated true scores, using sum scores as benchmarks. The secondary aim is to compare their performances in terms of practical equivalence with real data. Overall, the results show that, apart from the DC-IRT, which is the model that performs the worse, all the other models give results quite similar to those when sum scores are used. These results are followed by a discussion with practical implications and recommendations for future studies.(AU)

Procedimentos não paramétricos são usados para adicionar flexibilidade aos modelos. Três modelos não paramétricos de resposta ao item foram propostos, mas não comparados diretamente: o Kernel smoothing (KS-IRT); a Curva Davidiana (DC-IRT); e o modelo semiparamétrico Rasch Bayesiano (SP-Rasch). O objetivo principal do presente estudo é comparar o desempenho desses procedimentos na recuperação de escores verdadeiros simulados, utilizando escores de soma como benchmarks. O objetivo secundário é comparar seus desempenhos em termos de equivalência prática com dados reais. De forma geral, os resultados mostram que, além do DC-IRT, que é o modelo que apresenta o pior desempenho, todos os outros modelos apresentam resultados bastante semelhantes aos de quando se usam somatórios. Esses resultados são seguidos de uma discussão com implicações práticas e recomendações para estudos futuros.(AU)

Se utilizan procedimientos no paramétricos para agregar flexibilidad a los modelos. Se propusieron tres modelos de respuesta al ítem no paramétricos, pero no se compararon directamente: Kernel smoothing (KS-IRT); la curva davidiana (DC-IRT); y el modelo bayesiano de Rasch semiparamétrico (SP-Rasch). El objetivo principal del presente estudio es comparar el desempeño de estos procedimientos en la recuperación de puntajes verdaderos simulados, utilizando puntajes de suma como puntos de referencia. El objetivo secundario es comparar su desempeño en términos de equivalencia práctica con datos reales. En general, los resultados muestran que, a excepción de DC-IRT, que es el modelo con peor desempeño, todos los otros modelos presentan resultados bastante similares a los obtenidos cuando se utilizan sumatorios. Estos resultados son seguidos por una discusión con implicaciones prácticas y recomendaciones para estudios futuros.(AU)

Mathematical modelling of the impact of COVID-19 care measures on other respiratory diseases / ¿Qué dicen los modelos matemáticos sobre el efecto de las medidas no farmacológicas de cuidado implementadas durante la pandemia por COVID-19 sobre otras enfermedades respiratorias?

INTRODUCTION: Mathematical models of infectious disease transmission allow to study different mechanisms which affect the temporal behavior. This work analyzed the impact of the decrease in transmissibility, as a result of measures of personal care adopted to reduce circulation of COVID-19, on the dynamics of influenza and respiratory syncytial virus (RSV). METHODS: A deterministic SIRS (susceptible-infected-recovered-susceptible) model with seasonal modulation was used to represent two diseases with short-term immunity and annual cycle: influenza and RSV. Changes in disease transmissibility were modeled by reducing it for two years and analyzing different scenarios. RESULTS: In this model, transmissibility reduction brings changes which sustain in the following years: very pronounced epidemic events with lengthening of the inter-outbreak interval. This effect prevails over the seasonal behavior. The scenario of 40% initial reduction in transmissibility is compatible with the behavior of influenza and RSV currently reported in Argentina. DISCUSSION: The general model proposed here, under conditions of temporary reduced transmissibility, shows an epidemiology compatible with recently reported data of influenza and RSV in Argentina. This result illustrates modeling as a useful tool to understand non-intuitive effects.

Introducción: Uno de los usos de los modelos matemáticos de la transmisión de enfermedades es el estudio del efecto de diferentes cambios en las condiciones que determinan el comportamiento de las mismas, como la vacunación, las restricciones en la movilidad de las personas o las medidas de cuidado personal. Se sabe que frente a cambios abruptos en los parámetros que representan estas condiciones, los modelos exhiben cambios en la epidemiología, tanto en la magnitud y periodicidad de los brotes como en el perfil etario de la población afectada.  En este trabajo analizamos mediante herramientas de modelado matemático posibles efectos de la pandemia sobre la transmisión de otras enfermedades infecciosas debido a la disminución de la transmisibilidad, como resultado de las medidas de cuidado personal, ventilación y reducción en los contactos sociales adoptados para reducir la circulación de COVID-19. Método: Empleamos un modelo matemático determinista SIRS (susceptible-infectado-recuperado-susceptible) con modulación estacional para representar enfermedades con inmunidad conferida de corta duración y que presentan un ciclo anual. Se utilizaron dos escenarios de parámetros, uno de ellos más apropiado para una enfermedad tipo influenza, con tasa de contagio relativamente baja y con vacuna, y otro más apropiado para una enfermedad tipo virus sincitial respiratorio (VSR), con mayor contagiosidad y sin vacunación. Los cambios en la transmisibilidad de la enfermedad se modelaron reduciéndola durante dos años, planteando distintos escenarios respecto de la reducción de la transmisibilidad. Resultados: La reducción en la transmisibilidad de la enfermedad durante dos años genera cambios en el comportamiento de la enfermedad que se sostienen en los años siguientes: eventos epidémicos pronunciados (que pueden superar los máximos previos) con alargamiento del intervalo interbrote e incluso pérdida del comportamiento estacional típico. Aún en casos en que el inicio de la reducción de la transmisibilidad ocurre en momentos diferentes de un brote (cerca del máximo o cerca del mínimo), su efecto resulta dominante respecto del comportamiento estacional. El escenario de una reducción inicial de la transmisibilidad del 40% resulta compatible con el comportamiento de influenza y VSR reportados actualmente para nuestro país. Discusión: El modelo general propuesto, en determinadas condiciones de baja transitoria en la transmisibilidad, exhibe una epidemiología compatible con la observada recientemente en nuestra región para la influenza y el VSR. Este resultado ilustra el valor del modelado como herramienta útil en la compresión de la transmisión de enfermedades, alertando sobre posibles efectos no intuitivos.

Proposta de modelo de acompanhamento dos gastos em saúde: uma análise para o câncer no período 2012 - 2021 / Proposal for health spending monitoring model: an analysis for cancer in the 2012 period ­ 2021

O câncer, como uma das principais causas de mortes no mundo, causa problemas econômicos para as nações. Seus gastos, além de críticos, pressionam o orçamento público, provocando, também, perda de produtividade devido aos afastamentos do trabalho, às mortes e aposentadorias prematuras. Apesar de todo o peso econômico e social do câncer, ainda são poucos os estudos sobre os gastos com essa doença. A ausência de informações mais dinâmicas impede um planejamento mais detalhado e eficiente do processo de gestão, de modo que uma visão mais aprofundada dessas correlações permitirá um planejamento e gestão mais eficientes numa área extremamente sensível da política de saúde no Brasil. O presente trabalho tem como objetivo a realização de uma análise econômica dos gastos com as internações no Sistema Único de Saúde (SUS) de 2012 a 2021. Para tal, utiliza uma metodologia que se inicia na extração de todos os dados públicos no período, considerando um subconjunto dos campos do Sistema de Internações Hospitalares (SIH/SUS) previamente escolhidos e todos os códigos de procedimentos relacionados ao câncer utilizados no Sistema de Gerenciamento da Tabela de Procedimentos, Medicamentos e Órteses, Próteses e Materiais Especiais do SUS (SIGTAP). Após a extração utilizando um programa desenvolvido em outro projeto no LEMAS/IMS/UERJ, os dados foram carregados numa aplicação de Business Intelligence (BI) denominada TABLEAU para análises e apresentação dos resultados, seguida de uma discussão que abrangeu comparações com outros dados nacionais e internacionais. Na sequência, esses dados extraídos foram carregados num sistema de banco de dados MySQL para futuras análises. (AU)

Cancer, as one of the main causes of deaths in the world, causes economic problems for nations. In addition to being critical, its expenses put pressure on the public budget, also causing loss of productivity due to absences from work, deaths and premature retirements. Despite all the economic and social weight of cancer, there are still few studies on the costs associated with this disease. The absence of more dynamic information prevents more detailed and efficient planning of the management process, so a more in-depth view of these correlations will allow for more efficient planning and management in an extremely sensitive area of health policy in Brazil. The objective of this work is to carry out an economic analysis of expenses with hospitalizations in the Unified Health System (SUS) from 2012 to 2021. To this end, it uses a methodology that begins with the extraction of all public data in the period, considering a subset of previously chosen Hospital Admissions System (SIH/SUS) fields and all cancer-related procedure codes used in the SUS Procedures, Medications and Orthoses, Prostheses and Special Materials Table Management System (SIGTAP). After extraction using a program developed in another project at LEMAS/IMS/UERJ, the data was loaded into a Business Intelligence (BI) application called TABLEAU for analysis and presentation of results, followed by a discussion that included comparisons with other national data and international. In sequence. these extracted data were loaded into a MySQL database system for future analysis. (AU)

Experiencia del síntoma en el Síndrome Coronario Agudo: comprobación de un modelo conceptual / Symptom Experience in Acute Coronary Syndrome: Testing a Conceptual Model / Experiência de sintomas nas Síndromes Coronarianas Agudas: verificação de um modelo conceitual

Introducción: el síndrome coronario agudo (SCA) se caracteriza por diferentes síntomas, por lo cual la experiencia varía de persona a persona. El Modelo conceptual del manejo de los síntomas (MCMS) de Dodd aborda este aspecto que requiere ser comprobado dentro de la práctica de enfermería. Objetivo: comprobar los postulados de la dimensión de la experiencia de los síntomas del Modelo conceptual de Dodd en personas con síndrome coronario agudo. Métodos: comprobación teórica por medio de ecuaciones estructurales. Participaron 256 individuos con diagnóstico de síndrome coronario agudo, seleccionados por muestreo probabilístico estratificado. Se recolectaron datos clínicos, sociodemográficos y se midió la evaluación y respuesta a los síntomas con cinco instrumentos válidos. Se realizó un análisis estadístico con ajuste absoluto, ajuste incremental y ajuste de parsimonia del cual derivó un modelo de ecuaciones estructurales. Resultados: se comprobó la relación bidireccional entre la severidad del síntoma (evaluación) y la toma de decisiones (respuesta al síntoma). Se conformó un modelo que explica el 44 % de la varianza sobre la toma de decisiones. Sobre esta variable también influyen otras variables como la evaluación cognitiva y el control personal. Conclusión: este modelo conceptual permitió comprender la dimensión de la experiencia del síntoma en pacientes con síndrome coronario agudo, comprobando sus postulados en la práctica.

Introduction: acute coronary syndrome (ACS) is characterized by different symptoms, so the experience varies from person to person. Dodd's Conceptual Model of Symptom Management addresses this aspect that requires testing within nursing practice. Objective: to test the postulates of the symptom experience dimension of Dodd's Conceptual Model of Symptom Management in persons with acute coronary syndrome. Methods: theoretical testing by means of structural equations. A total of 256 individuals with a diagnosis of acute coronary syndrome, selected by stratified probability sampling, participated. Clinical and sociodemographic data were collected, and symptom assessment and response were measured with five valid instruments. Statistical analysis was performed with absolute adjustment, incremental adjustment and parsimony adjustment from which a structural equation model was derived. Results: the bidirectional relationship between symptom severity (assessment) and decision making (symptom response) was tested. A model was formed that explains 44% of the variance on decision making. This variable is also influenced by other variables such as cognitive evaluation and personal control. Conclusion: this conceptual model allowed us to understand the dimension of symptom experience in patients with acute coronary syndrome, proving its postulates in practice.

Introdução: Síndromes coronarianas agudas (SCA) caracterizam-se por diferentes sintomas, pelo que a experiência muda de pessoa para pessoa. O Modelo conceitual do manejo dos sintomas (MCMS) de Dodd aborda esse aspecto que precisa testes na prática de enfermagem. Objetivo: verificar os postulados da dimensão da experiência dos sintomas do Modelo conceitual de Dodd em pacientes com síndrome coronariana aguda. Métodos: verificação teórica por meio de equações estruturais. Participaram 256 indivíduos com diagnóstico de síndrome coronariana aguda, selecionados por amostragem probabilística estratificada. Dados clínicos e sociodemográficos foram coletados e a avaliação e resposta aos sintomas foi medida com cinco instrumentos válidos. Foi realizada análise estatística com ajuste absoluto, ajuste incremental e ajuste de parcimônia que derivou num modelo de equaciones estruturais. Resultados: verificou-se o relacionamento bidirecional entre a gravidade do sintoma (avaliação) e a tomada de decisão (resposta ao sintoma). Um modelo que explica 44% da variância sobre a tomada de decisão foi conformado. Sobre essa variável também influem outras variáveis como a avaliação cognitiva e o controlo pessoal. Conclusão: este modelo conceitual permitiu compreender a dimensão da experiência do sintoma em doentes com síndrome coronariana aguda, verificando seus postulados na prática.

Exploring factors associated with obesity in Argentinian children using structural equation modeling / Explorando factores asociados a la obesidad en niños argentinos usando un modelo de ecuaciones estructurales / Explorando fatores associados à obesidade em crianças argentinas utilizando a modelagem de equações estruturais

Abstract: Habits and behaviors related to obesity risk are strongly associated with the family environment and are affected by socioeconomic factors. Structural equation modeling (SEM) allows us to hypothesize on how the relationships between these factors occur and measure their impact. This study aimed to explore the relationship between family socioeconomic indicators and childhood obesity, mediated by habits linked to energy balance, applying a SEM. A cross sectional study was performed on 861 Argentinian schoolchildren aged 6-12 years, from 2015 to 2016. The model included three latent variables: socioeconomic status, healthy habits, and obesity. Socioeconomic status indicators and healthy habits were surveyed by self-administered parental questionnaires, whereas obesity indicators were evaluated with anthropometry. The applied model showed an acceptable fit (NFI = 0.966; CFI = 0.979; RMSEA = 0.048). Socioeconomic status positively influenced parental education, health insurance, and car possession, while negatively influenced crowding (p < 0.001). Healthy habits significantly influenced physical activity, meals frequency, and sleep hours, while negatively influenced sedentary hours and mother's nutritional status (p < 0.001). Obesity factor positively influenced body mass index, body fat, and waist-to-height ratio (p < 0.001). Finally, socioeconomic status positively influenced health habits, which in turn negatively influenced obesity factor. Healthy habits (especially physical activity and mother's nutritional status) mediated the relationship between socioeconomic status and child obesity. Further research should include other indicators related to diet, eating habits, and physical activity like neighborhood characteristics.

Resumen: Los hábitos y comportamientos relacionados con el riesgo de obesidad están fuertemente asociados al entorno familiar y se ven afectados por factores socioeconómicos. El modelo de ecuaciones estructurales (MEE) permite plantear hipótesis sobre cómo se dan las relaciones entre estos factores y medir su impacto. El objetivo del presente estudio fue explorar la relación entre los indicadores socioeconómicos familiares y la obesidad infantil, mediada por hábitos relacionados con el balance energético, aplicando un MEE. Se realizó un estudio transversal con 861 escolares argentinos de 6 a 12 años entre 2015 y 2016. El modelo incluyó tres variables latentes: nivel socioeconómico, hábitos saludables y obesidad. Los indicadores nivel socioeconómico y hábitos saludables se midieron mediante cuestionarios autoadministrados a los padres, mientras que los indicadores de obesidad se obtuvieron mediante antropometría. El modelo aplicado presentó un ajuste aceptable (NFI = 0,966; CFI = 0,979; RMSEA = 0,048). El nivel socioeconómico influyó positivamente en la escolaridad de los padres, en el plan de salud y en el hecho de tener automóvil, mientras que influyó negativamente en el hacinamiento (p < 0,001). La variable hábitos saludables influyó significativamente en la actividad física, en la frecuencia de las comidas y en las horas de sueño, pero influyó negativamente en las horas sedentarias y en el estado nutricional materno (p < 0,001). El factor obesidad influyó positivamente en el índice de masa corporal, en la grasa corporal y en la razón cintura/talla (p < 0,001). Finalmente, el nivel socioeconómico influyó positivamente en los hábitos saludables, que, a su vez, influyeron negativamente en la obesidad. Los hábitos saludables, en especial la actividad física y el estado nutricional materno, moderan la relación entre el nivel socioeconómico y la obesidad infantil. Las nuevas investigaciones deberían incluir otros indicadores relacionados con la dieta, con los hábitos alimentarios y con la actividad física, así como con las características del vecindario.

Resumo: Hábitos e comportamentos relacionados ao risco de obesidade estão fortemente associados ao ambiente familiar e afetados por fatores socioeconômicos. A modelagem de equações estruturais (MEE) permite levantar hipóteses sobre como ocorrem as relações entre esses fatores e medir seu impacto. O objetivo do presente estudo foi explorar a relação entre os indicadores socioeconômicos familiares e a obesidade infantil, mediada por hábitos ligados ao balanço energético, aplicando uma MEE. Um estudo transversal foi realizado com 861 escolares argentinos de 6 a 12 anos entre 2015 e 2016. O modelo incluiu três variáveis latentes: nível socioeconômico, hábitos saudáveis e obesidade. Os indicadores do nível socioeconômico e de hábitos saudáveis foram medidos por meio de questionários autoaplicáveis aos pais, enquanto os indicadores de obesidade foram obtidos por meio de antropometria. O modelo aplicado apresentou um ajuste aceitável (NFI = 0,966; CFI = 0,979; RMSEA = 0,048). O nível socioeconômico influenciou positivamente a escolaridade dos pais, o plano de saúde e a posse de automóvel, enquanto influenciou negativamente a aglomeração (p < 0,001). A variável hábitso saudáveis influenciou significativamente a atividade física, a frequência das refeições e as horas de sono, mas influenciou negativamente as horas sedentárias e o estado nutricional materno (p < 0,001). O fator obesidade influenciou positivamente o índice de massa corporal, a gordura corporal e a relação cintura/estatura (p < 0,001). Finalmente, o nível socioeconômico influenciou positivamente os hábitso saudáveis, que por sua vez influenciou negativamente a obesidade. Hábitos saudáveis, especialmente atividade física e estado nutricional materno, mediam a relação entre nível socioeconômico e obesidade infantil. Novas pesquisas devem incluir outros indicadores relacionados à dieta, hábitos alimentares e atividade física, como características da vizinhança.

Cárie na primeira infância, má oclusão, fatores psicossociais e qualidade de vida relacionada à saúde bucal de crianças e suas famílias / Early childhood caries, malocclusion, psychosocial factors and oral health-related quality of life in children and their families

Cárie na primeira infância (CPI) e má oclusão podem afetar a qualidade de vida relacionada à saúde bucal (QVRSB) de crianças e suas famílias. Fatores psicossociais relacionados às crianças, suas famílias e comunidade na qual estão inseridas devem ser estudados. Diante disso, os objetivos desta tese foram: 1) verificar a associação entre fatores psicossociais associados à CPI e à QVRSB em pré-escolares e suas famílias (Artigo 1); 2) avaliar o impacto da mordida aberta anterior (MAA) e da mordida profunda (MP) na QVRSB de préescolares, e verificar o papel da resiliência parental como um fator moderador nessa associação (Artigo 2). Foi realizado um estudo transversal representativo com pré-escolares de 4-6 anos de idade e seus pais/responsáveis em Ribeirão das Neves, MG, Brasil. Os pais/responsáveis responderam às versões brasileiras do Early Childhood Oral Health Impact Scale (ECOHIS) e Escala de Resiliência, e um questionário com dados socioeconômicos e de comportamento de saúde bucal da criança. Os pré-escolares foram examinados por duas dentistas treinadas e calibradas para o diagnóstico de CPI e consequências pulpares de lesões cariosas não tratadas (Kappa>0,95), utilizando-se a versão epidemiológica do International Caries Detection and Assessment System (ICDASepi) combinado com o índice pufa e, assim categorizados: sem cárie, estágio inicial (opacidade notável/pigmentação retida em fundo de fóssulas e fissuras), estágio moderado (cavitação em esmalte/sombreamento em dentina subjacente), estágio extenso sem consequências pulpares (cavitação com exposição dentinária) e estágio extenso com consequências pulpares (cavitação com exposição dentinária, com envolvimento pulpar e/ou presença de fístulas/abscessos). A presença de MAA e MP foi avaliada através do índice de Foster e Hamilton. Os dados foram analisados por meio da modelagem por equações estruturais, utilizando-se o software Mplus, versão 8.6 (Artigo 1) e por meio da análise de moderação, utilizando-se o PROCESS (PROCESS for SPSS, version 3.4) (Artigo 2). Os resultados do artigo 1 demonstraram que menor status socioeconômico (ß =-0,250; p<0,001) e maior frequência de consumo de açúcares livres (ß=0,122; p=0,033) foram associados diretamente com estágio extenso de cárie com consequência pulpar, enquanto menor resiliência dos pais impactou indiretamente estágios mais avançados da CPI, por meio da variável frequência de consumo de açúcares livres (ß =-0,089; p=0,048). Além disso, CPI foi associada com piores escores tanto da QVRSB da criança (b=0,587; p<0,001) quanto da família (ß =0,506; p<0,001). Os resultados do artigo 2 demonstraram que préescolares filhos de pais com baixa resiliência, e que possuíam MAA apresentaram impacto negativo na QVRSB (ß:3,95;p=0,025) em comparação àqueles que apresentaram oclusão normal. A resiliência parental não atuou como fator moderador na associação entre MP e QVRSB (p>0,05). Conclui-se que quanto maior a gravidade da CPI, maior o impacto negativo na QVRSB de pré-escolares e suas famílias. Os principais fatores associados à CPI mais grave foram menor nível socioeconômico, maior frequência de consumo de açúcar livre e menor resiliência parental (Artigo 1). MAA interferiu negativamente na QVRSB dos pré-escolares, sendo essa associação mais forte quando a resiliência parental era baixa. Portanto, a resiliência dos pais atuou como fator moderador na relação entre MAA e QVRSB (Artigo 2).

Early childhood caries (ECC) and malocclusion can affect the oral health-related quality of life (OHRQoL) of children and families. Psychosocial factors related to children, their families and the community in which they are inserted must be studied. Therefore, the objectives of this thesis were: 1) to verify the association between psychosocial factors with ECC and OHRQoL in preschoolers and their families (Manuscript #1); 2) to evaluate the impact of anterior open bite (AOB) and deep bite (DB) on the OHRQoL of preschool children and the role of parental resilience as a moderating factor in such association (Manuscript #2). A representative crosssectional study was carried out with 4-to-6-year-old preschoolers and their parents/caregivers from Ribeirão das Neves, MG, Brazil. Parents/caregivers selfadministered the Brazilian versions of the Early Childhood Oral Health Impact Scale (ECOHIS) and the Resilience Scale, as well as a questionnaire about socioeconomic and child's oral health behavior data. Preschoolers were examined by two trained and calibrated dentists for the diagnosis of ECC and pulpal consequences of untreated carious lesions (Kappa>0.95), using the epidemiological version of the International Caries Detection and Assessment System (ICDASepi) index combined with the pufa index: no caries, early stage (notable opacity/retained pigmentation in the background of pits and fissures), moderate stage (cavitation in enamel/shading in underlying dentin), extensive stage without pulpal consequences (cavitation with dentin exposure) and extensive stage with pulpal consequences (cavitation with dentin exposure, and pulp involvement and/or fistulas/abscesses). The presence of AOB and DB were evaluated using the Foster and Hamilton index. Data were analysed through Structural Equation Model (SEM), using the Mplus software, version 8.6 (Manuscript #1) and through moderation analysis, using PROCESS (PROCESS for SPSS, version 3.4) (Manuscript #2). The results of the Manuscript #1 demonstrated that lower socioeconomic status (b=-0.250; p<0.001) and higher frequency of consumption of free sugars (ß=0.122; p=0.033) were directly associated with an extensive stage of caries with pulpal consequences, while lower parental resilience indirectly impacted more advanced stages of ECC, through the variable frequency of consumption of free sugars (b=-0.089; p=0.048). In addition, ECC was associated with worse scores in both the child's (ß=0.587; p<0.001) and the family's (ß=0.506; p<0.001) OHRQoL. The results of the Manuscript #2 demonstrated that preschoolers whose parents presented low resilience, and preschoolers who presented OAB, had a negative impact on OHRQoL (ß:3.95; p=0.025) compared to those who had normal occlusion. Parental resilience did not act as a moderating factor in the association between DB and OHRQoL (p>0.005). It is concluded that the severity of ECC negatively impacted the OHRQoL of preschoolers and their families, and the main factors associated with the severity of ECC were lower socioeconomic status, higher frequency of free sugar consumption and lower parental resilience (Manuscript #1). OAB negatively interfered with the OHRQoL of preschoolers, with this association being stronger when parental resilience was low. Therefore, parental resilience acted as a moderating factor in the relationship between OAB and OHRQoL (Manuscript # 2).

Invitation to Mathematical Psychology: Models and Benefits of Formal Theorizing / Convite à Psicologia Matemática: Modelos e Benefícios da Teorização Formal

ABSTRACT In most areas, psychological phenomena tend to be explained only through textual constructions. Several authors, however, point to the need for theories that have a more formal nature, based on mathematical reasoning. In order to encourage broader access to its applications, we present the models and advantages of a mathematical psychology approach to the study of behavior. We review the limitations of verbal theorizing, then a common taxonomy in mathematical psychology follows, that classifies formal models as descriptive, process characterization, and explanatory. As well succeeded cases, we examine the mathematical psychology of decision making, of helping behavior, of memory, and of romantic relationships. Finally, we discuss the potential benefits and uses of this approach. Welcome to mathematical psychology.

RESUMO Na maior parte das áreas os fenômenos psicológicos tendem a ser explicados apenas por meio de construções textuais. Diversos autores, no entanto, apontam para a necessidade de teorias que tenham uma natureza mais formal, baseada em raciocínio matemático. A fim de incentivar acesso mais amplo às suas aplicações, apresentamos os modelos e vantagens da abordagem da psicologia matemática para o estudo do comportamento. Revisamos as limitações da teorização verbal, apresentando em seguida uma taxonomia, comum na psicologia matemática, que classifica os modelos de dados como descritivos, explicativos e de caracterização. Como casos bem sucedidos, examinamos a psicologia matemática da tomada de decisão, do comportamento de ajuda, da memória e dos relacionamentos românticos. Por fim, discutimos os benefícios e usos potenciais da abordagem. Bem-vindo(a) à psicologia matemática.

Muito além do trauma: uma investigação sobre o papel das reações peritraumáticas sobre o transtorno de estresse pós-traumático / Beyond the trauma: an investigation of the role of peritraumatic reactions on posttraumatic stress disorder

O Transtorno de Estresse Pós-Traumático (TEPT) é uma condição debilitante que impacta significativamente a qualidade de vida dos seus portadores. Dentre vários fatores de risco para o TEPT, as reações peritraumáticas (RP), como a imobilidade tônica peritraumática (ITP), dissociação (DP) e reações físicas de pânico (RFP), estão entre as mais investigadas. No entanto, a maioria dos estudos avaliou essas RP separadamente, e o elo entre elas e o TEPT ainda não foi bem compreendido. Portanto, essa tese teve como objetivos: (i) estimar simultaneamente o efeito das três RP sobre o TEPT utilizando um instrumento validado; e (ii) avaliar se há efeito indireto da ITP sobre o TEPT mediado pelo sentimento de culpa/vergonha. Utilizamos modelagem de equações estruturais para analisar dados de 3211 participantes do Rio de Janeiro e de São Paulo. Tratamos as RP como variáveis latentes, selecionando desconfundidores específicos para cada reação. Nossas exposições foram as RP, sendo TEPT o desfecho. Calculamos odds ratios e intervalos de confiança de 95%. Utilizamos o Bayesian Information Criterion para comparar o ajuste de modelos não aninhados. Quando analisadas separadamente, todas as RP alcançaram significância estatística. No entanto, apenas DP (ORDP=1,8; IC95%:1,3-2,4) e RFP (ORRFP=2,5; IC95%:1,8-3,4) permaneceram estatisticamente significativas quando incluímos as três reações em um modelo com seus respectivos desconfundidores e correlações entre elas. Os resultados sugeriram um possível efeito da ITP sobre o TEPT (ORITP=1,4; IC95%:1,0-1,9). As interações entre as RP não foram estatisticamente significativas. Ao investigarmos o sentimento de culpa/vergonha como mediador entre ITP e TEPT, o efeito indireto alcançou apenas significância estatística limítrofe (ORITP(TNIE)=1,1; IC95%:1,0-1,2). Os efeitos direto (ORITP(PNDE)=1,3; IC95%: 0,8-1,8) e total (ORITP(TE)=1,4; IC95%:0,9-1,9) para ITP perderam significância quando todas as RP, seus desconfundidores e correlações entre elas fizeram parte do mesmo modelo. As demais RP, no entanto, permaneceram estatisticamente significativas (ORDP=1,7; IC95%:1,3-2,3 e ORRFP=2,5; IC95%:1,8-3,4). Nossos resultados mostraram que a DP e as RFP aumentaram o risco de TEPT mesmo quando consideradas em conjunto. A ITP pode ter efeito sobre o risco de TEPT, mas esse achado deve ser interpretado com cautela devido a significância limítrofe dessa RP em nosso modelo final. Também não identificamos uma mediação significativa entre ITP e TEPT pelos sentimentos de culpa/vergonha. Contudo, a significância limítrofe encontrada para o efeito indireto demanda investigações adicionais. Nossos achados reforçam a ideia de que as reações peritraumáticas devem ser analisadas e compreendidas como ocorrências simultâneas. Também seria oportuno que estudos envolvendo culpa/vergonha, ITP e TEPT focalizassem traumas caracterizados por aprisionamento e impossibilidade de escapar, dado que estas experiências são apontadas como mais susceptíveis para desencadear a ITP. (AU)

Posttraumatic stress disorder (PTSD) is a debilitating condition that greatly impacts quality of life. Among several PTSD risk factors, peritraumatic reactions (PR) such as peritraumatic tonic immobility (PTI), dissociation (PD) and physical panic reactions (PPR) are some of the most investigated. However, several studies have assessed these PR separately, and the pathway connecting them to PTSD is not well understood. Therefore, this thesis aimed to: (i) simultaneously estimate the effect of the three PR on PTSD using a validated instrument; and (ii) assess if there is an indirect effect of PTI on PTSD mediated by feelings of guilt/shame. We used structural equation modelling to analyse data from 3211 participants from Rio de Janeiro and São Paulo. We treated the PR as latent variables and selected specific confounders for each reaction. Our exposures were the PR, and PTSD was the outcome. We calculated odds ratios and 95% confidence intervals for each analysis. We also employed the Bayesian Information Criterion to compare the goodness of fit between non-nested models. Separately, all PR achieved statistically significant results. However, only PD (ORPD=1.8; 95%CI:1.3-2.4) and PPR (ORPPR=2.5; 95%CI:1.8-3.4) remained statistically significant when all three were included in a model with their respective confounders and correlations among all PR. Our findings suggested a possible effect of PTI on PTSD (ORPTI=1.4; 95%CI:1.0-1.9). Interactions between the PR were not statistically significant. When we investigated feelings of guilt/shame as the mediator between PTI and PTSD, the indirect effect achieved a borderline statistical significance (ORPTI(TNIE)=1.1; 95%CI:1.0-1.2). Direct (ORPTI(PNDE)=1.3; 95%CI:0.8-1.8) and total (ORPTI(TE)=1.4; 95%CI:0.9-1.9) effects lost their significance when all PR, their confounders and correlations were included in the same model. The other PR remained statistically significant (ORPD=1.7; 95%CI:1.3-2.3 and ORPPR=2.5; 95%CI:1.8-3.4). Our findings showed PD and PPR to increase the risk of PTSD even when considered in tandem. PTI could have an effect on PTSD, but this must be considered cautiously, as this PR only reached borderline significance in our final model. Feelings of guilt/shame did not significantly mediate PTI's effect on PTSD. However, a borderline statistical significance in the indirect effects warrants further investigation. Our findings reinforce the hypothesis that peritraumatic reactions should be analysed and understood as simultaneous occurrences, not as separate entities. It would also be appropriate for studies concerning guilt/shame, PTI and PTSD to focus on traumas characterized by imprisonment and feelings of inescapability, given that these experiences are allegedly more likely to trigger PTI. (AU)

Conocimiento Especializado del Profesor de Matemáticas en la Enseñanza de la Modelación de la Elipse a Través de Recursos Tecnológicos / Specialized Knowledge of the Mathematics Teacher in teaching the modeling of the ellipse through technological resources / Conhecimento especializado do professor de matemática no ensino da modelagem da elipse por meio de recursos tecnológicos

Resumen Introducción: en la enseñanza de las matemáticas el uso de recursos tecnológicos ha tomado importancia en las prácticas docentes. No obstante, en algunas ocasiones la no profesionalización de profesores en las aulas les impide poder utilizar este tipo de herramientas de manera eficaz y acordes a las necesidades educativas de hoy día. Objetivo: caracterizar el conocimiento especializado del profesor de matemáticas que enseña de manera efectiva la modelación de la elipse a través de las mediaciones tecnológicas. Materiales y Métodos: el enfoque de esta investigación es de tipo cualitativo, con diseño y estudio de caso instrumental. La recolección de la información se llevó a cabo mediante 13 unidades de observación no participantes, diario de campo, cuestionario y una entrevista semiestructurada a un profesor con formación y experiencia en la enseñanza de la elipse haciendo uso de las TIC. Resultados: Se encontró relaciones entre el conocimiento especializado del profesor de los temas y de la enseñanza de las matemáticas, que contribuyen a la aproximación de la enseñanza de la modelación de la elipse mediante el software GeoGebra. Se Concluye que es indispensable que el profesor tenga conocimiento tanto disciplinar, didáctico-pedagógico y del recurso tecnológico que utiliza para la enseñanza de un contenido específico de las matemáticas.

Abstract Introduction: in the teaching of mathematics, the use of technological resources has become important in teaching practices. However, on some occasions the non-professionalization of teachers in the classroom prevents them from being able to use this type of tools effectively and in accordance with today's educational needs. Objective: characterize the specialized knowledge of the mathematics teacher who effectively teaches the modeling of the ellipse through technological mediations. Materials and Methods: the focus of this research is qualitative, with an instrument al case study design. The information was collected through 13 non-participant observation units, a field diary, a questionnaire and a semi-structured interview with a teacher with training and experience in teaching the ellipse using ICT. Results: Relationships were found between the teacher's specialized knowledge of the topics and the teaching of mathematics, which contribute to the teaching approach to ellipse modeling using the GeoGebra software. It was Concluded that it is essential that the teacher has both disciplinary, didactic-pedagogical knowledge and knowledge of the technological resource that he uses to teach a specific content of mathematics.

Resumo Introdução: no ensino de matemática, o uso de recursos tecnológicos tornou-se importante nas práticas pedagógicas. No entanto, em algumas ocasiões, a não profissionalização dos professores em sala de aula os impede de usar esse tipo de ferramentas de forma eficaz e de acordo com as necessidades educacionais atuais. Objetivo: caracterizar o conhecimento especializado do professor de matemática que efetivamente ensina a modelagem da elipse por meio de mediações tecnológicas. Materiais e Métodos: o foco desta pesquisa é qualitativo, com desenho de estudo de caso instrumental. As informações foram coletadas por meio de 13 unidades de observação não participante, diário de campo, questionário e entrevista semiestruturada com uma professora com formação e experiência no ensino da elipse com TIC. Resultados: foram encontradas relações entre o conhecimento especializado do professor sobre os temas e o ensino de matemática, que contribuem para a abordagem de ensino da modelagem de elipses utilizando o software GeoGebra. Conclusão: é fundamental que o professor tenha tanto conhecimento disciplinar, didático-pedagógico e conhecimento do recurso tecnológico que utiliza para ensinar um conteúdo específico de matemática.

Modelamiento in silica de la liasa organomercurial (MerB) de Pseudamanas fluarescens / In silico modeling of Pseudomonas fluoresceins organomercurial lyase (MerB) / Modelagem in silica da liase organomercurial (MerB) de Pseudamanas fluarescens

Resumen El modelamiento ¡n silíco ha sido de gran contribución en los procesos proteómicos, desarrollando estructuras de las secuencias proteicas ya existentes, que por motivos de altos costos y las diferentes tecnologías necesarias para el desarrollo de estas metodologías, se encuentran deficientes en el número de modelamientos de proteínas disponibles. Entre aquellas secuencias con carencia de estructura proteica se encuentra la proteína liasa organomercurial (MerB) de Pseudomonas /luorescens, importante en la resistencia al mercurio. En el presente artículo se analizó tanto estructural como funcionalmente la proteína MerB en Pseudomonas jluorescens, utilizando la herramienta de la química estructural "modelamiento por homología" mediante plataformas bioinformáticas, con el fin de obtener un modelo que represente la estructura 3D más precisa y que capturen las mejores variantes estructurales entre todas las posibles conformaciones de las proteínas en la familia. En este trabajo, se desarrolló un método comparativo de la secuencia estudiada con las reportadas en las bases de datos para las proteínas MerB del género Pseudomonas. Se propone un modelo tridimensional para la enzima (MerB) en P. jluorescens, mediante el modelamiento por homología, se muestra la caracterización en la estructura secundaria, terciaria, la caracterización del dominio catalítico y los motivos estructurales presentes.

Abstract In silico modeling has made a great contribution to proteomic processes, developing structures of the already existing protein sequences, which for reasons of high costs and the different technologies necessary for the development of these methodologies, are deficient in the number of models of available proteins. Among those sequences lacking protein structure is the organomercurial lyase (MerB) protein from Pseudomonas fluoresceins, important in mercury resistance. In this article, the MerB protein in Pseudomonas fluorescens was analyzed both structurally and functionally, using the structural chemistry tool "homology modeling" using bioinformatic platforms, in order to obtain a model that represents the most accurate 3D structure and that captures the best structural variants among all the possible conformations of the proteins in the family. In this work, a comparative method of the sequence studied with those reported in the databases for MerB proteins of the genus Pseudomonas was developed. A three-dimensional model for the enzyme (MerB) in P. fluorescens is proposed, through homology modeling, the characterization at the secondary and tertiary structure level, the characterization of the catalytic domain and the structural motifs present is shown.

Resumo A modelagem in silico tem dado um grande contributo para os processos proteómicos, desenvolvendo estruturas de sequências de proteínas já existentes, as quais, pelos elevados custos e pelas diferentes tecnologias necessárias ao desenvolvimento destas metodologias, são deficientes no número de modelos de proteínas disponíveis. Entre as sequências sem estrutura protéica está a proteína organomercurial liase (MerB) de Pseudomonas fluorescens, importante na resistência ao mercúrio. Neste artigo, a proteína MerB em Pseudomonas fluorescens foi analisada estrutural e funcionalmente, usando a ferramenta de química estrutural "modelagem de homologia" usando plataformas de bioinformática, a fim de obter um modelo que represente a estrutura 3D mais precisa e que capture as melhores variantes estruturais. entre todas as conformações possíveis das proteínas da família. Neste trabalho, foi desenvolvido um método comparativo da sequência estudada com aqueles relatados em bancos de dados para proteínas MerB do gênero Pseudomonas. Um modelo tridimensional para a enzima (MerB) em P. fluorescens é proposto, através de modelagem por homologia, a caracterização em nível de estrutura secundária e terciária, a caracterização do domínio catalítico e os motivos estruturais presentes são mostradas.

Estimation of lactation curves of Gyr cattle and some associated production parameters in the Colombian low tropic

Background: The Gyr breed is widely used in Colombian low tropic dairy production systems. During the last 10 years, the Asociación Colombiana de Criadores de Ganado Cebú† ASOCEBU, has been leading a dairy milk control program which led to the creation of a dataset that permits to carry out the first analysis of milk yield in Gyr cattle in the country using records from several herds. Objectives: To study milk production dynamics of Gyr cattle in the Colombian low tropic through the estimation of lactation curves and four derived production parameters: total milk yield between 5 and 305 days (TMY305), peak milk yield (PMY), days at peak (DP) and persistency (P). Methods: 13,798 daily milk yield records from 1,510 cows performing in 103 herds were used; the total number of lactations was 2,480. Four models were considered: Wood, Wiltmink, Papajcsik & Bordero, and a second-degree polynomial. Mean square error, mean absolute error, mean square error of prediction, Akaike and Bayesian information criteria were used to select the model better describing each lactation using the majority rule, that is, the model selected by most criteria was the chosen one. The shape of each fitted lactation curve was checked using basic results from calculus which permitted the classification of the estimated curves into two groups: typical and atypical; only typical functions were used to compute the four aforementioned production parameters. Results: The second-order polynomial was the model most frequently selected, while the Papajcsik & Bordero model had the lowest frequency. Average TMY305, PMY, DP and P were 3,489.86 kg, 17.28 kg, 57.17 days, and 0.83, respectively, with coefficients of variation: 0.27, 0.21, 0.41, and 0.16. Conclusions: This study permitted to identify individuals with outstanding phenotypic performance. To the best of our knowledge, this is the first study of this kind involving thousands of lactations from Gyr cows performing in several regions of Colombian low tropic.

Antecedentes: La raza Gyr es ampliamente utilizada en las lecherías de trópico bajo en Colombia. Durante los últimos 10 años, la Asociación Colombiana de Criadores de Ganado Cebú ASOCEBU, ha liderado un programa de control lechero que generó una base de datos que permite llevar a cabo el primer análisis de producción de leche de la raza Gyr en el país, considerando individuos de varias fincas. Objetivos: Caracterizar la dinámica de producción de leche de ganado Gyr en el trópico bajo colombiano mediante la estimación de curvas de lactancia y cuatro parámetros de producción derivados: producción total entre 5 y 305 días (TMY305), pico de lactancia (PMY), días al pico (DP) y persistencia (P) Métodos: Se utilizaron 13.798 registros de producción diaria de leche de 1.510 vacas provenientes de 103 fincas, el total de lactancias fue 2.480. Se consideraron cuatro modelos: Wood, Wiltmink, Papajcsik & Bordero, y un polinomio de segundo grado. Los criterios usados para elegir el modelo que mejor describió cada lactancia fueron: error cuadrático medio, error absoluto medio, error cuadrático medio de predicción, criterio de información de Akaike y criterio de información Bayesiano. Se utilizó el criterio de mayoría, esto es, el modelo seleccionado fue aquel elegido por más criterios. La forma de cada una de las curvas de lactancia estimadas fue chequeada utilizando resultados básicos del cálculo, esto permitió clasificar las curvas estimadas en dos grupos: típicas y atípicas; solamente las curvas típicas fueron empleadas para calcular los cuatro parámetros antes mencionados. Resultados: El polinomio de segundo grado fue el modelo que se seleccionó con mayor frecuencia, mientras que el modelo Papajcsik & Bordero tuvo la menor frecuencia. Los promedios para TMY305, PMY, DP y P fueron 3.489,86 kg, 17,28 kg, 57,17 días, y 0,83, respectivamente, con coeficientes de variación 0,27, 0,21, 0,41 y 0,16 Conclusiones: Este estudio permitió identificar individuos con desempeño fenotípico sobresaliente. De acuerdo al estado del arte, este es el primer estudio de este tipo que considera miles de lactancias de vacas Gyr provenientes de varias regiones del trópico bajo colombiano.

Antecedentes: Gir é uma raça Bos indicus amplamente utilizada em sistemas de produção leiteira no trópico baixo Colombiano. A Asociación Colombiana de Criadores de Ganado CebúASOCEBU, lidera um programa de controle de leite nos últimos 10 anos, o que permitiu à coleta de um conjunto de dados para realizar a primeira análise de produção de leite em bovinos Gir no país com informações de vários rebanhos. Objetivo: Estudar a dinâmica da produção de leite por meio da estimativa das curvas de lactação e quatro parâmetros de produção derivados: produção total de leite entre 5 e 305 dias (TMY305), produção de leite no pico de lactação (PMY), dias em produção de leite no pico de lactação (DP) e persistência (P). Métodos: Foram utilizados 13.798 registros de produção diária de leite de 1.510 vacas de 103 fazendas , totalizando 2.480 lactações. Foram considerados quatro modelos: Wood, Wiltmink, Papajcsik & Bordero e um polinômio de segundo grau. Para selecionar o modelo que melhor descreve cada lactação foram utilizados os seguintes critérios: erro quadrado médio, erro absoluto médio, e erro quadrado médio de predição. O modelo selecionado pela maioria dos parâmetros, de acordo com os critérios de informação de Akaike e Bayesiano, foi o escolhido. A forma de cada curva de lactação ajustada foi verificada utilizando os resultados básicos do cálculo, isso permitiu classificar as curvas estimadas em dois grupos: típico e atípico, e apenas funções típicas foram utilizadas para calcular os quatro parâmetros de produção acima mencionados Resultados: O polinômio de segunda ordem foi o modelo mais frequentemente selecionado, enquanto o modelo Papajcsik & Bordero apresentou a menor frequência. A média de TMY305, PMY, DP e P foram 3.489,86 kg, 17,28 kg, 57,17 d e 0,83, respectivamente, com coeficientes de variação de 0,27, 0,21, 0,41 e 0,16. Conclusões: Este estudo permitiu identificar indivíduos com excelente desempenho fenotípico. De acordo com a literatura atual, este é o primeiro estudo envolvendo milhares de lactações de vacas Gir em várias regiões do trópico baixo colombiano.

Development of a large-scale rainfall simulator for urban hydrology research / Desenvolvimento de um simulador de chuva de grande escala para pesquisa em hidrologia urbana

ABSTRACT This work presented the development and testing of a large-scale rainfall simulator (LSRS) to be used as a research tool on rainfall-runoff and associated transport processes in urban areas. The rainfall simulator consists of a pressurized water supply system which supplies a set of 16 full-cone nozzles. Artificial rainfall with different rainfall intensities can be produced over an area of 100 m2 in a V shape. The assembly is housed in a tailor-made acrylic structure to eliminate the influence of wind and natural rainfall. Runoff is measured and collected at the outlet of the drainage basin, from where it is pumped to a storage tank that enables the reuse of water. Runoff hydrographs and pollutographs are presented as examples of possible outcomes from this facility. The LSRS is showed to be able to reproduce the rainfall-runoff and pollutant transport processes under simulated rainfall events with intensity and spatial uniformity similar to other experiments described in the literature.

RESUMO Este trabalho apresentou o desenvolvimento e teste de um simulador de chuva em larga escala (large-scale rainfall simulator — LSRS) para utilização em pesquisa sobre o processo de chuva-vazão e processos associados em áreas urbanas. O simulador é composto por um sistema pressurizado de abastecimento de água que abastece um conjunto de 16 bicos aspersores. Chuvas artificiais com diferentes intensidades de precipitação podem ser produzida sobre uma bacia de drenagem com área de 100.0 m2 em forma de V. O simulador é protegido por uma estrutura em acrílico que elimina a influência do vento e da chuva natural. A vazão é medida e coletada no exutório da bacia de drenagem, de onde é bombeada para um reservatório de armazenamento que permite a reutilização da água. Hidrogramas de vazão e polutogramas são apresentados como exemplos de possíveis resultados de ensaios a serem realizados com este equipamento. O LSRS demonstrou ser possível reproduzir o processo de chuva-vazão e processos associados sob eventos de chuva simulada com intensidade e distribuição espacial semelhantes a outros experimentos descritos na literatura.

Calibração do modelo hidrológico SWMM para a bacia do ribeirão vai e volta — Poços de Caldas, Minas Gerais / Calibration of SWMM's hydrological model for the watershed vai e volta stream — Poços de Caldas, Minas Gerais

RESUMO A impermeabilização de áreas em centros urbanos, resultante do processo de ocupação desordenada do solo, contribui para o aumento e a aceleração do escoamento superficial e, consequentemente, para a ocorrência de enchentes e inundações em bacias urbanas. Nesse contexto, atualmente, modelos hidrológicos vêm sendo empregados no desenvolvimento de políticas públicas de gestão das águas urbanas, com vistas à drenagem urbana sustentável. O presente trabalho teve como objetivo usar um modelo hidrológico para a bacia do ribeirão Vai e Volta, localizada no município de Poços de Caldas, Minas Gerais, para simular o hidrograma de cheia em um canal urbano. Utilizou-se o software Storm Water Management Model (SWMM) calibrando o modelo a dados de chuva e vazão medidos. Realizou-se a calibração manual do modelo para dois eventos de precipitação com a obtenção do coeficiente de eficiência de Nash-Sutcliffe (NSE) médio de 0,73 e erros da vazão de pico e do volume escoado inferiores a 15%. O modelo foi validado para outros três eventos distintos e obteve-se ajuste NSE médio de 0,79 e erros da vazão de pico e do volume escoado inferiores a 5%.

ABSTRACT The waterproofing of areas in urban centers, resulting from the disorderly occupation of the soil, contributes to increase and accelerate the runoff and, consequently, to the occurrence of floods and inundation in urban watersheds. In this context, hydrological models are currently being used in the development of public policies for urban water management, related to sustainable urban drainage. The present work aimed to use a hydrological model for the watershed of the Vai e Volta stream, located in the city of Poços de Caldas, Minas Gerais, to simulate the flood hydrograph in an urban open channel. The Storm Water Management Model (SWMM) software was used, calibrating the model to measured rainfall and flow data. The model was manually calibrated for two rainfall events with an average Nash-Sutcliffe coefficient (NSE) of 0.73 and errors in peak flow and runoff volume below 15%. The model was validated for three other distinct events and an average NSE adjustment of 0.79 was obtained and errors in peak flow and runoff volume below 5%.

Uso do modelo HEC-RAS com base em informações de LiDAR para avaliação de inundações urbanas / Use of the HEC-RAS model based on LiDAR information for urban flood assessment

RESUMO O crescimento desordenado das cidades e o excesso de impermeabilização são problemáticas dos grandes centros urbanos, tendo como consequência principal a ocorrência de inundações e alagamentos. Nesse contexto, a modelagem hidrodinâmica pode ser uma importante ferramenta para a determinação de áreas inundáveis, permitindo estimar as cotas de inundação para diferentes cenários de tempos de retorno (TR) e chuvas de projetos, permitindo, assim, representar mais fielmente a realidade e minimizar erros decorrentes de projetos hidráulicos. Trabalhando em conjunto com o Sistema de Informações Geográficas (SIG), em que a geometria do canal é extraída por meio do Modelo Digital do Terreno (MDT) de alta precisão gerado por levantamento com técnica LiDAR (Light Detection and Ranging) e software de modelagem hidrodinâmica (Hydrologic Engineering Center — River Analysis System — HEC-RAS), foi possível avaliar diferentes cenários de inundações no trecho canalizado em concreto, no córrego Botafogo, em Goiânia, Goiás. Com os resultados da modelagem hidrodinâmica foi possível avaliar o comportamento da propagação das vazões geradas, constatando-se que para precipitações com TR de 50 anos ou mais, os limites da canalização não suportam os volumes gerados e transportados, provocando inundações em seis trechos críticos. Os dados obtidos pelo HEC-RAS puderam ser validados a partir de registros fotográficos divulgados pela imprensa local e levantamento topográfico dos locais inundados, de modo que a integração entre o SIG e a modelagem hidrodinâmica se mostrou eficiente para o estudo de áreas inundáveis.

ABSTRACT The disordered growth of cities and the excessive waterproofing are problematic of the large urban centers, having as a main consequence the occurrence of floods and overflows. Within this context, hydrodynamic modeling can be an important tool for the determination of floodable areas, allowing the estimation of flood quotas for different scenarios of return periods (TR) and project rainfall, thus allowing to more accurately represent reality and minimize errors arising from hydraulic designs. Working with Geographic Information System (GIS), where the channel geometry is extracted using the high precision Digital Terrain Model (DTM) generated by LiDAR (Light Detection and Ranging) survey and hydrodynamic modeling software (HEC-RAS), it was possible to evaluate different flood scenarios in the channeled concrete section, in the Botafogo Stream in Goiânia, Goiás. With the results of hydrodynamic modeling, it was possible to evaluate the propagation behavior of the generated flows, finding that for precipitation with TR 50 years or older, the plumbing limits do not support the generated and transported volumes, causing flooding in six critical stretches. The data obtained by HEC-RAS could be validated from photographic records released by the press and topographic survey of flooded sites, so that the integration between GIS and hydrodynamic modeling proved to be efficient for the study of floodable areas.

Biomass and vegetation index by remote sensing in different caatinga forest areas / Relação entre biomassa e índices de vegetação por sensoriamento remoto em diferentes áreas de florestas de caatinga

Continued unsustainable exploitation of natural resources promotes environmental degradation and threatens the preservation of dry forests around the world. This situation exposes the fragility and the necessity to study landscape transformations. In addition, it is necessary to consider the biomass quantity and to establish strategies to monitor natural and anthropic disturbances. Thus, this research analyzed the relationship between vegetation index and the estimated biomass using allometric equations in different Brazilian caatinga forest areas from satellite images. This procedure is performed by estimating the biomass from 9 dry tropical forest fragments using allometric equations. Area delimitations were obtained from the Embrapa collection of dendrometric data collected in the period between 2011 and 2012. Spectral variables were obtained from the orthorectified images of the RapidEye satellite. The aboveground biomass ranged from 6.88 to 123.82 Mg.ha-1. SAVI values were L = 1 and L = 0.5, while NDVI and EVI ranged from 0.1835 to 0.4294, 0.2197 to 0.5019, 0.3622 to 0.7584, and 0.0987 to 0.3169, respectively. Relationships among the estimated biomass and the vegetation indexes were moderate, with correlation coefficients (Rs) varying between 0.64 and 0.58. The best adjusted equation was the SAVI equation, for which the coefficient of determination was R² = 0.50, R2aj = 0.49, RMSE = 17.18 Mg.ha-1 and mean absolute error of prediction (MAE) = 14.07 Mg.ha-1, confirming the importance of the Savi index in estimating the caatinga aboveground biomass.

A exploração contínua e insustentável dos recursos naturais promove a degradação ambiental e ameaça a conservação das florestas secas no mundo. Essa situação expõe a fragilidade e a necessidade de estudar as transformações da paisagem. É necessário considerar o quantitativo de biomassa e o estabelecimento de estratégias para monitorar distúrbios naturais e antrópicos. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar a relação entre o índice de vegetação e a biomassa estimada por meio de equações alométricas em diferentes áreas da caatinga brasileira a partir de imagens de satélite. Este procedimento é realizado estimando-se a biomassa de nove fragmentos de floresta tropical seca com o uso em equações alométricas. As delimitações das áreas foram obtidas da coleção da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, a partir dos dados dendrométricos coletados no período entre 2011 e 2012. As variáveis espectrais foram obtidas a partir das imagens ortorretificadas do satélite RapidEye. A biomassa acima do solo variou de 6,88 a 123,82 Mg.ha-1. Os valores de SAVI para os coeficientes L = 1 e L = 0,5, NDVI e EVI variaram de 0,1835 a 0,4294, 0,2197 a 0,5019, 0,3622 a 0,7584 e 0,0987 a 0,3169, respectivamente. As relações entre a biomassa estimada e os índices de vegetação foram moderadas, com coeficiente de correlação (rs) variando entre 0,64 e 0,58. A equação mais bem ajustada foi a Equação do SAVI, com coeficiente de determinação foi R² = 0,50, R2aj = 0.49, RMSE = 17.18 Mg.ha-1 e erro médio absoluto de predição (MAE) = 14.07 Mg.ha-1, confirmando a importância do índice SAVI na estimativa da biomassa aérea da Caatinga.

Modelagem Molecular (TD-DFT) aplicada na predição do fator de proteção solar de compostos naturais / Molecular Modeling (TD-DFT) applied to predict the sun protection factor of natural compounds

Na área da saúde pública, as doenças provocadas pela radiação solar têm ganho grande destaque, por serem cada vez mais comuns. Dentre as principais formas de prevenção a utilização de filtros solares são as mais comuns e de fácil acesso. Os filtros utilizados atuam por sua capacidade de refletir, absorver ou dispersar os raios solares ultravioletas (UV). A aplicação de métodos teóricos tornou-se indispensável no auxílio do planejamento de novos compostos com função terapêutica, em estudos de suas diferentes propriedades, buscando gerar, manipular e analisar representações realistas de estruturas moleculares obtidas a partir de cálculos de propriedades físico-químicas por meio da química computacional. Neste estudo, foram selecionados compostos naturais de origem vegetal (3-O-metilquercetina, ácido gálico, aloína, catequina, quercetina e resveratrol), os quais são descritos com propriedades fotoprotetoras, para os quais se aplicou métodos computacionais para predição dos espectros de absorção, por meio do método TD-DFT (Teoria funcional da densidade dependente do tempo). Foram avaliadas as principais transições eletrônicas dos compostos estudados e se as diferenças de energia HOMO e LUMO para os compostos que absorvem na faixa UV compreendem na UVA (320400 nm, 3.103.87 eV), UVB (290320 nm, 3.874.27 eV) ou na UVC (100290 nm, 4.2712.4 eV). Realizou-se a validação experimental para o método aplicado para o EMC, quercetina e resveratrol, demonstrando a eficácia. Após os estudos realizados concluímos que o resveratrol, teoricamente é um ótimo candidato a fotoprotetor. O estudo ofereceu informações relevantes sobre o poder de predição in silico para fotoprotetores, e se utilizado pode contribuir diminuindo de tempo e custos em pesquisas para desenvolver fármacos

In the area of public health, diseases caused by solar radiation have gained great prominence, as they are increasingly common. Among the main ways to prevent the use of sunscreens are the most common and easily accessible. The filters used act by their ability to reflect, absorb or scatter the sun's ultraviolet (UV) rays. The application of theoretical methods has become indispensable in helping to plan new compounds with therapeutic function, in studies of their different properties, seeking to generate, manipulate and analyze realistic representations of molecular structures obtained from calculations of physicochemical properties through computational chemistry. In this study, natural compounds of plant origin (3-O-methylquercetin, gallic acid, aloin, catechin, quercetin, and resveratrol) were selected, which are described with photoprotective properties, for which computational methods were applied to predict the absorption spectra, using the TD-DFT (Time-Dependent Density Functional Theory) method. The main electronic transitions of the studied compounds were evaluated and whether the differences in HOMO and LUMO energy for compounds that absorb in the UV range comprise UVA (320400 nm, 3.103.87 eV), UVB (290 320 nm, 3.87 4.27 eV) or UVC (100290 nm, 4.2712.4 eV). Experimental validation was carried out for the method applied for CME, quercetin, and resveratrol, demonstrating its effectiveness. After the studies carried out, we concluded that resveratrol, theoretically, is an excellent candidate for sunscreen. The study provided relevant information about the in silico predictive power for photoprotectors, and if used, it can contribute to reducing time and costs in research to develop drugs

Supervision of the professional practice of nursing: case study describing the "on-site inspection" sub-process / Fiscalización del ejercicio profesional de enfermería: estudio de caso describiendo el subproceso "inspección in loco" / Fiscalização do exercício profissional de enfermagem: estudo de caso descrevendo o subprocesso "inspeção in loco"

ABSTRACT Objectives: to describe the "On-site inspection" sub-process of the macroprocess "Supervision" conducted at the headquarters unit of the Regional Nursing Council of São Paulo. Methods: an exploratory descriptive research, in a single case study modality using data reported by the Headquarters Unit Inspection Management leaders. Results: the description of the "On-Site inspection" sub-process, initial and return, showed how the activities/tasks pre-established in the inspection roadmap and inserted in the respective inspection terms need to be accurately and sequentially executed to comply with the current legislation and provided the identification of activities that add value to the inspection process. Conclusions: the results obtained give visibility to the activities/tasks developed by the inspectors and will provide the Inspection Management with subsidies for the rational allocation of the required human resources; and, to the technical managers and legal representatives of the inspected institutions, the knowledge of the activities developed during the performance of the sub-process "On-site inspection".

RESUMEN Objetivos: describir subproceso "Inspección in loco" del macroproceso "Fiscalización", realizado en Unidad Sede del Consejo Regional de Enfermería de São Paulo. Métodos: investigación exploratoria-descriptiva, en modalidad estudio de caso único, cuyos datos obtenidos con líderes de la Gerencia de Fiscalización de la Unidad Sede. Resultados: descripción del subproceso "Inspección in loco", inicial y de vuelta, evidenció como las actividades/tareas preestablecidas en el guión de fiscalización, inseridas en los respectivos términos de fiscalización, precisan ser ejecutadas, de manera secuencial y en detalles, objetivando al cumplimiento de legislaciones vigentes; y propició la identificación de las actividades que agregan valor al proceso de fiscalización. Conclusiones: resultados obtenidos confieren visibilidad a las actividades/tareas desarrolladas por fiscales y proveerán a Gerencia de Fiscalización subsidios para mejor ubicación de recursos humanos requeridos; y, a Responsables Técnicos y Representantes Legales de instituciones fiscalizadas, el conocimiento de las actividades desarrolladas durante la realización del subproceso "Inspección in loco".

RESUMO Objetivos: descrever o subprocesso "Inspeção in loco" do macroprocesso "Fiscalização", realizado na Unidade Sede do Conselho Regional de Enfermagem de São Paulo. Métodos: pesquisa exploratório descritiva, na modalidade de estudo de caso único, cujos dados foram obtidos com os líderes da Gerência de Fiscalização da Unidade Sede. Resultados: a descrição do subprocesso "Inspeção in loco", inicial e de retorno, evidenciou como as atividades/tarefas preestabelecidas no roteiro de fiscalização, inseridas nos respectivos termos de fiscalização, precisam ser executadas, de maneira detalhada e sequencial, visando ao cumprimento das legislações vigentes; e propiciou a identificação das atividades que agregam valor ao processo de fiscalização. Conclusões: os resultados obtidos conferem visibilidade às atividades/tarefas desenvolvidas pelos fiscais e fornecerão à Gerência de Fiscalização subsídios para a alocação racional dos recursos humanos requeridos; e, aos Responsáveis Técnicos e Representantes Legais das instituições fiscalizadas, o conhecimento das atividades desenvolvidas durante a realização do subprocesso "Inspeção in loco".